Odrzucenie e-faktury w Krajowym Systemie e-Faktur może wystąpić wyłącznie w przypadku niezgodności struktury pliku ze wzorem logicznym lub w sytuacji wprowadzenia jej do systemu przez osobę nieuprawnioną.  KSeF nie bada prawidłowości merytorycznej wystawianej faktury (przykładowo, system nie zbada czy zgadzają się sumy kwot na wystawianej fakturze lub czy NIP nabywcy jest zgodny z jego nazwą), system KSeF nie bada również automatycznie czy nabywca jest zarejestrowany dla celów VAT.