Zdarza się, że podatnicy umieszczają na fakturach dokumentujących sprzedaż towarów lub usług dodatkowe kwoty, które nie stanowią podstawy opodatkowania podatkiem VAT. Chodzi o takie kwoty jak opłaty skarbowe, kary umowne, inne wydatki poniesione w imieniu i na rzecz usługobiorcy, którymi jest on obciążany.  Należności te nie podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT, tym niemniej są elementem rozliczenia z klientem.

W interpretacji z 15 lipca 2025 r. (nr 0114-KDIP1-2.4012.360.2025.1.RST) Dyrektor KIS potwierdził, że ww. kwoty mogą być wykazywane na fakturach wystawianych w ramach KSeF. Co więcej, możliwe jest wystawienie faktury korygującej jedynie w celu zmiany takich pozycji.